Para instalar la extensión de mysqli para PHP, use la opción de configuración --with-mysqli=mysql_config_path/mysql_config donde mysql_config_path representa la ubicación del programa mysql_config que viene con MySQL en versiones superiores a 4.1.
Si quiere instalar la extensión de mysql junto con la extensión mysqli, usted tiene que usar la mismas librerias cliente, para evitar cualquier conflicto.